澳大利亚莫纳什大学的科研实力雄厚，研究人员做出的重大贡献为世界各地的人民带来了真实而又积极的变化。在澳大利亚，大学是社会和政治争论得以最终解决的主要贡献者，政府和行业都依赖于大学的研究专家所提出的应对21世纪挑战的解决方案，包括气候变化、健康、全球恐怖主义、迁移、儿童保护、运输、教育和经济等诸多方面。
莫纳什大学世界知名的研究项目包括：开拓IVF技术、包括抗疟疾和流行性感冒的药物发展、通过开创性事故研究减少交通事故死亡人数、气候变化、包括开发治疗帕金森病和脊椎损伤新技术在内的干细胞研究、肥胖的预防和治疗、修复和再生成人体内损伤组织和器官的再生医学研究。
莫纳什大学拥有100个科研中心，并与17个校外科研机构建立了合作关系。该校的研究所和研究中心包括：
1. 莫纳什大学交通事故研究中心(MUARC)
2. 亚太科学和财富创造中心
3. 区域研究研究所(IRS)
4. 莫纳什亚洲研究所(MAI)
5. 莫纳什电子商务研究中心
6. 莫纳什电子显微镜研究中心
7. 莫纳什同步加速器研究中心
8. 莫纳什可持续发展研究所
9. 莫纳什纳米、材料与制造研究所
10. 莫纳什全球运动研究所
莫纳什大学重视、支持和培育未来研究和发展的领先者，提供丰厚的奖学金或助学金。研究领域广泛覆盖10个院系的几乎所有学科，学校还设有36个专业研究中心和研究所。世界级的学术和技术知识为学生们研究经验的获得和提高创造了条件，不仅如此，学校还为此提供专门的监督指导，并建立了与之配套的监督指导质量保障综合系统。
