耶鲁大学学科分为四大类别：语言及文学、人文学、社会科学及工程和数学。
最重点学科是社会科学、人文科学和生命科学。三项最热门专业是生物学、历史学
[2]和经济学。
耶鲁现拥有12个学院：
耶鲁学院：开设人文科学、社会科学、自然科学以及工程学本科课程，授文学士、理学士、文科研究学士学位。
研究生院：为耶鲁学院毕业生开设研究生课程，授文学硕士、理科硕士、哲学硕士、哲学博士学位。
医学院：为耶鲁学院毕业生以及在其它院校受过相应教育的学生开设课程，授医学博士学位。
神学院：为耶鲁学院毕业生开设课程，授神学硕士，宗教文学硕士学位，优秀学生还可攻读神学硕士学位。
法学院：为耶鲁学院毕业生开设课程，授法学研究硕士，法学博士(J. D.)学位以及法学硕士、法律科学博士和刑法博士学位。
艺术学院：为耶鲁学院毕业生开设职业课程，授美术硕士学位。
音乐学院：为耶鲁学院毕业生开设课程，授音乐硕士、音乐艺术硕士、以及音乐艺术博士学位。
森林与环境研究学院：为耶鲁学院毕业生开设课程，授森林学硕士、森林科学硕士、环境研究硕士以及森林学博士学位。
建筑学院：为耶鲁学院毕业生开设课程，授建筑硕士职业学位以及环境设计非职业学位。
护理学院：为耶鲁学院毕业生开设课程，授护理科学硕士学位。
戏剧学院：为耶鲁学院毕业生中攻读学位证书的学生开设课程，授美术硕士及博士学位。
机构与管理学院：为耶鲁学院毕业生开设课程，授企业管理硕士职业学位，同时也开设机构行为和管理科学方面的博士学位课程。
校内修读人数最多的学科包括历史、经济、英文、生物和政治科学。校内85%的课堂人数少于25人，而大部分学者亦教授本科生课程，教学水准获得一定保证。
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